En 1821 apoyó la proclamación de la Independencia del Perú y se proclamó
republicano liberal. En 1822 fue diputado y presidente del Primer
Congreso Constituyente. Después del Motín de Balconcillo (27-2-1823) se
exilió en Chile. Regresó a fines de 1824 y se opuso a la dictadura de
Simón Bolívar, por lo que fue desterrado a Chile en 1826. Al regresar en
1827 fue diputado y presidente del Congreso de 1827. Apoyó el gobierno
de José de La Mar y marchó a Chile cuando Agustín Gamarra dio el golpe
de estado de 1829. Regresó en 1832 y fue elegido diputado y presidente
de la Convención Nacional de 1833. Apoyó al presidente Luis José de
Orbegoso entre 1834 y 1835.
Desde 1837 se consagró a la vida religiosa, llegando a ser Arzobispo de
Lima entre 1843 y 1855. Falleció en Lima el 9 de febrero de 1855.